Baron skadde seg i skuldra då han var på trenigsleir med landslaget i Brasil i førre månad.
Skaden viser seg å vere så alvorleg at skuldra må opererast. Derfor blir ikkje Baron klar i tide til VM, melder klubben hans, SuperSport United.
Emile Baron spela 114 kampar for Lillestrøm frå 1999 til 2004. Han har meldt seg til teneste for det sørafrikanske landslaget etter å ha sagt nei til landslagsspel i seks år.
Baron var i ferd med å kjempe seg til posisjonen som førstekeeper i Sør-Afrikas tropp i VM på heimebane i sommar. Men den draumen rauk.
VM i Sør-Afrika tek til 11. juni, og Sør-Afrika møter Mexico i opningskampen.