18-åringen gjorde en kjempeinnsats under EM-sluttspillet i Portugal, og Everton har nå tilbudt Rooney klubbens mest verdifulle kontrakt noensinne for å lokke ham til å bli.
Mange forventer at Rooney vil gå til Manchester United eller Chelsea, men ifølge United-direktør Charlton er han ikke på manager Alex Fergusons ønskeliste.
- Wayne Rooney er en stor spiller, men han er ikke vår spiller. Jeg tror han er ganske fornøyd i Everton og ser ingen grunn til at han ikke skulle bli der, sa Charlton til MUTV.
- Det er gode spillere tilgjengelige som man noen ganger må gå for, men for øyeblikket så har ikke Alex kommet til oss og forlanget: La oss få Rooney. Vi er ganske fornøyd med de spillerne vi har, sa Charlton.
Klubbdirektør David Gill innrømmet forrige uke at klubben ikke kan konkurrere med Chelseas pengebinge på overgangsmarkedet. Det er Charlton enig i.
- Vi har ikke penger til å betale for alle spillerne vi er koblet til. Den finansielle disiplinen i klubben er veldig viktig. Vi må konkurrere mot de beste, men å få riktige summer er viktig.