Uniteds legendariske manager ga seg i klubben 19. mai 2013. Siden har laget ikke toppet den engelske tabellen.
Etter 3-0-seieren over bunnlaget Sunderland lørdag, topper imidlertid Manchester United Premier League med 16 poeng.
– Det er dette vi alle spiller for. Nå må vi jobbe hardt for å holde oss på toppen, skriver Rooney på Twitter.
Laget er ett fattig poeng foran byrival Manchester City, som tapte mot Tottenham tidligere på dagen. West Ham og Arsenal følger på de to neste plassene med 13 poeng.
– Det er en fin følelse å toppe tabellen. Det er første gang i løpet av min tid som manager, så jeg er fornøyd, sier Manchester United-manager Louis van Gaal til BBC.
– Det er alltid vanskelig å spille mot et lag som legger seg i forsvar, legger han til.
Slapp start på kampen
Målscorere for United var Memphis Depay, Wayne Rooney og Juan Mata.
En lettet Rooney kunne juble for sitt første mål i Premier League denne sesongen, mens nederlandske Depay scoret sitt første Premier League-mål noensinne.
Louis van Gaals mannskap var naturlig nok storfavoritter mot Sunderland, men skuffet likevel de første 45 minuttene. Vertene skapte knapt en sjanse før Daley Blind spilte en strålende gjennombruddspasning til Juan Mata på overtid av første omgang.
Spanjolen fant Memphis Depay foran mål og det sto 1-0 til pause.
Lekker Rooney-scoring
Før det var spilt ett minutt av annen omgang økte så Wayne Rooney til 2-0. Anthony Martial dro seg ned til dødlinjen og la hardt inn.
Ballen traff Rooney som la ballen treffsikkert i mål.
Hjemmelaget fikk et par kontringsmuligheter til å punktere kampen fullstendig utøver i omgangen, men først like før fulltid sto det 3-0 da Ashley Young la inn til en umarkert Mata på bakerste stolpe.