Mexicaneren med kallenavnet Chicarito på trøya scoret begge målene da Stoke ble slått 2-1 på bortebane. Det var Uniteds første borteseier i serien denne sesongen.
Rooney undertegnet før helgen en ny femårskontrakt etter å ha gjort seg upopulær med uttalelser om at han ville til en mer ambisiøs klubb. Spissens ankelskade satte ham utenfor søndag, men erstatteren gjorde jobben.
Hernandez nikket inn ledermålet på frekt vis i det 27. minutt, og det lå an til å bli vinnermålet helt til tyrkiske Tuncay Sanli utlignet med en dupper over keeper ni minutter før slutt. Det kom etter en stygg pasningsfeil av Paul Scholes.
Dermed så det ut til å gå mot Uniteds femte uavgjort på rad på fremmed gress, men Hernandez holdt seg framme og styrte ballen inn fra kort hold etter at Patrice Evras skuddforsøk endret retning på en motspiller.
Gary Neville spilte sin 600. kamp for United, og markerte anledningen ved å flørte med utvisning. Hans stygge felling av Matthew Etherington ga ham gult kort, og han slapp billig da dommeren holdt kortene i lomma etter en ny stygg felling av
Etherington.
Neville kom på banen etter pause, men ble byttet ut før avspark.
Etter seieren er United
serieleder Chelsea, som lørdag vant 2-0 over Wolverhampton.