Xabi Alonso og Sergio Ramos ble begge utvist i sluttminuttene av 4-0-seieren etter å ha pådratt seg hvert sitt andre gule kortet for uthaling av tid.
Les:
Både publikum og UEFA mistenker at spillerne ble utvist med vilje for å stå over den siste gruppespillkampen, noe som gjør at de er kortfrie til sluttspillet.
I tillegg til Xabi Alonso og Sergio Ramos vil UEFA granske keeperne Iker Casillas og Jerzy Dudek, som tilsynelatende viderebrakte beskjeder fra Mourinho til spillerne på banen.
«UEFA bekrefter at en disiplinærsak er åpnet mot Real Madrid for den upassende oppførselen til Jose Mourinho og spillerne Xabi Alonso, Sergio Ramos, Iker Casillas og Jerzy Dudek,» heter det i en pressemelding fra UEFA.
Les:
– Merkelige kort
Det var flere som hevet øyenbrynene da midtbanestjernen Alonso brukte 40 sekunder på å ta et frispark på stillingen 3-0 til Real Madrid.
Dommer Craig Thompson så seg nødt til å gi spanjolen sitt andre gule kort, men det stoppet ikke der.
Få minutter senere gjorde Ramos akkurat det samme, og ble tildelt samme straff.
Bildene av Mourinho som tilsynelatende sender beskjeder til de to via lagets to keepere fikk en hel fotballverden til å rase.
– De to røde kortene var resultater av merkelige gule kort. Jeg likte dem ikke i det hele tatt, men hvis Ramos eller Alonso ikke kan spille mot Auxerre, får andre ta plassen deres, sa Mourinho etter kampen.
Ramos bedyret sin uskyld etter kampen, og nektet for å ha gjort noe galt.
– Vi var ikke ute etter å få kort. Når man ser på resultatet, kunne dommeren ha spart på dem. Men han viste meg ut, og sånn er det, sa han.