Flores spilte for Cruz Azul som aktiv og var med i Mexicos landslagstropp til VM i Argentina i 1978.
Den tidligere høyrebacken ble 58 år gammel.
To andre voksne personer ble også skadd av skuddene, mens et barn fikk et nervøst sammenbrudd.
Vant fem mesterskap
Flores vant fem seriemesterskap med Cruz Azul på 1970-tallet og var bror av Luis Flores, en tidligere Pumas UNAM-spiller som også har spilt for Mexicos landslag.
Ignacio Flores var på reise med familien da bilen de satt i ble beskutt av ukjente menn nær byen Cuernavaca.
Røft område
Området er i delstaten Morelos og ligger ved Stillehavsskysten i nærheten av Acapulco.
Distriktet har de siste årene blitt åsted for mange gjengoppgjør forbundet med narkotikatrafikk.
Voldsepisoder forbundet med narkotika har krevd mer en 42.000 menneskeliv siden 2006.