Hjemmelaget, som har Erik Soler som sportssjef og Jan Halvor Halvorsen i trenerteamet, fikk en god start foran 20.982 tilskuere på sin hjemmearena.
18-årige Juan Agudelo ble matchvinner i det 70. minutt da han ble spilt gjennom av Teemu Tainio.
New Yorks store stjerne Thierry Henry misbrukte et straffespark i første omgang, og hjemmelaget vant fortjent. Sounders hadde imidlertid flere store sjanser, den siste da Lamar Neagle satte en frisparkretur over mål.
- Vi startet veldig bra, men dessverre misset vi straffesparket. Senere ga vi dem noen store sjanser der vi ble reddet av keeperen vår. I annen omgang dominerte vi, og seieren var fortjent, oppsummerte New York-trener Hans Backe.
New York spiller sin neste kamp borte mot Columbus Crew kommende lørdag. Da vil laget mangle opptil seks spillere på grunn av landslagsoppdrag.
Davies tilbake
I en annen MLS-kamp lørdag scoret innbytter Charlie Davies to mål for DC United i sin første kamp siden den alvorlige bilulykken for 17 måneder som blant annet kostet ham fjorårets VM-sluttspill.
Davies er utleid til DC United fra franske Sochaux og var hovedmann bak 3-1-seieren over Columbus Crew.
- Dette viser at med tro kan du utrette det umulige, sa Davies.
Tilbake etter 27 år
Vancouver Whitecaps vant 4-2 over Toronto i sin debutkamp i MLS, 27 år etter at NASL-klubben med samme navn ble nedlagt. Franske Eric Hassli scoret to av målene.
Den andre nykommeren, Portland Timbers, tapte 1-3 for tittelforsvarer Colorado Rapids.
Omar Bravo scoret to ganger i sin første MLS-kamp da Sporting KC vant 3-2 borte mot Chivas 3-2, mens Kyle Beckerman ga Real Salt Lake 1-0-seier over San Jose Earthquakes.
David Beckham og hans LA Galaxy møter New England Revolution i rundens siste kamp søndag.