Ronny Johnsen hadde sin ligadebut i Newcastle-forsvare, men han kunne ikke hindre at gjestene stakk av med alle poengene.
Rooney gav United ledelsen etter sju minutter. Alan Shearer utlignet 20 minutter før slutt, men bare tre minutter senere ordnet van Nistelrooy 2-1 fra straffemerket etter at
Newcastle-keeper Shay Given var klønete og felte Paul Scholes.
Nistelrooy satte straffen iskaldt i mål og sørget for 2-1, før Rooney satte inn 3-1-målet på overtid.
Wayne Rooney og Manchester United sikret seg tre viktiger poeng på bortebane. (Foto: Scanpix)
Med seieren har Manchester United 21 poeng, men det er hele 11 poeng opp til serieleder Chelsea for Alex Fergusons gutter.
Etter en glimrende start for Graeme Souness, gikk Newcastle på sitt tredje strake serietap og blir stående med 16 poeng.
Kun sju minutter var spilt da Wayne Rooney lurte Ronny Johnsen og resten av Newcastles forsvar og ga Manchester United ledelsen. Darren Fletcher slo inn fra kanten, og ballen gikk over Johnsen til Wayne Rooney som banket ballen på volley forbi Newcastle-keeper Shay Given.
Feilplassert?
Ronny Johnsen fikk tillit fra start av manager Graeme Souness sammen med Titus Bramble mot gamleklubben United, og stopperveteranen spilte dermed sin første seriekamp for Newcastle. Men han kunne nok tenkt seg et bedre møte med gamleklubben.
Den tidligere landslagsstopperen, som tidligere kun hadde spilt kamper i ligacupen for sin kanskje siste klubb, burde nok ha vært tettere på Rooney før scoringen. I stedet ble han stående midt mellom Ronaldo og Rooney, og sistnevnte takket og bukket og bare flikket ballen forbi Given et praktfullt mål.
Etter voldsom United-dominans fra start der Johnsen og Bramble fikk kjørt seg mot Rooney og Ruud van Nistelrooy, kom Newcastle bedre med utover i 1. omgang, og spesielt Patrick Kluivert var nær utligning på St. James' Park.
Kontroversielt
20 minutter før slutt ble det ellevill jubel på St. James' Park da superveteranen Alan Shearer utnyttet en feil av Wes Brown, løp fra hele United-forsvaret og sendte ballen forbi Roy Carroll.
Men minutter senere var Shay Given uheldig og la ifølge dommeren ned Scholes i feltet. Dommer Dean pekte på straffemerket, til ville protester fra blant andre Ronny Johnsen som pådro seg gult kort for kjeftbruken.
Nistelrooy sendte Given feil vei, og United kunne reise sørover med tre svært verdifulle poeng. Seieren ble trygget med Wayne Rooneys scoring på overtid. Målet kom på returen etter at Bramble hadde reddet van Nistelrooys forsøk på strek.