Avgjørelsen skal ha blitt tatt under et møte mellom Roy Hodgson og Ferdinand i London søndag, skriver Det engelske fotballforbundet.
Årsaken skal være at United-stopperen har et trenings- og helseprogram som han må følge, og som ikke gir rom for å spille kvalifiseringskampene.
– Jeg er skuffet over at Rio ikke kan være med, men på grunn av det detaljerte programmet han må følge, er det ikke mulig, sa Hodgson etter møtet.
Turbulent fortid
For første gang siden han overtok for Fabio Capello i fjor vinter, har den engelske landslagssjefen funnet plass til Ferdinand i troppen.
Den rutinerte Manchester United-stopperen ble utelatt fra den første EM-troppen til Roy Hodgson i fjor sommer.
Hodgson bedyret at vrakingen kun var av sportslige grunner, men spekulasjonene gikk varmt om at den egentlige grunnen var rasismesaken mellom John Terry og Rios lillebror, Anton Ferdinand.
Da Gary Cahill måtte melde forfall til EM, valgte Hodgson å kalle in Liverpools back Martin Kelly, som bare hadde spilt ti ligakamper forrige sesong – en avgjørelse Ferdinand kalte skammelig.
Forholdet ble ikke bedre noen måneder senere da Hodgson pratet om Rio Ferdinands landslagsfremtid med fremmede på T-banen i London, noe han senere beklaget.
Men denne turbulente fortiden skal altså ikke ha hatt noe å gjøre med Ferdinands avgjørelse om å trekke seg fra troppe.
– Ser frem til å jobbe med Roy i fremtiden
– Det var viktig å høre fra Rio personlig om hvordan han må ta vare på kroppen sin mellom kampene, sier den engelske landslagssjefen.
– Jeg må legge til hvor imponert jeg var over hans vilje til å spille for England og forhåpentligvis kan jeg regne med han i fremtiden.
Også Ferdinand presiserte at dette ikke var noen hevnaksjon.
– Det var viktig for meg å meg å snakke med Roy ansikt til ansikt og forklare situasjonen. Én ting jeg gjorde veldig klart var at min lidenskap og vilje til å representere mitt land i fremtiden er like sterk som alltid, sa Rio.
– Det er skuffende at jeg ikke vil være en del av de kommende kampene, men jeg sa til Roy at jeg vil fortsette å være tilgjengelig for England, og jeg ser frem til å jobbe med han i fremtiden.
Tottenhams Steven Caulker er nå kalt inn som erstatter for Ferdinand.