49-åringen overtok laget i april, men etter en tung høst fikk franskmannen torsdag beskjed om at tiden på Fratton Park er over.
Førstelagstrener Joe Jordan overtar som midlertidig manager. Senest onsdag ble det meldt at spillerne i Portsmouth ville verne Perrin. Klubbeier Milan Mandaric sa også at Perrin skulle lede laget i lørdagens kamp mot Chelsea.
Det blir det ikke noe av. - Dette var ingen enkel avgjørelse å ta, men prestasjonene og moralen må bli bedre. Vi takker Alain Perrin for hans innsats i klubben, sa Mandaric.
Pompey ligger fjerde sist i den engelske toppserien. Perrins siste kamp ble 0-3-tapet mot Liverpool.