Det endte med tap 0-1 for Owen og Newcastle.
Owen skadet kneet i VM-kampen mot Sverige i juni og først mandag var den engelske landslagsspissen tilbake i Newcastle-drakten.
Kampen var kun Owens tolvte for Skjærene etter overgangen fra Real Madrid i 2005.
Owen fikk et mål korrekt annullert for offside etter sju minutters spill. Flere ganger ble den tidligere Liverpool-spissen avvinket for offside.
Reading ville være festbrems i Owen-comebacket og Dave Kitson hamret inn vinnermålet med venstrefoten tidlig i annen omgang.
Allardyce kan overta
Dermed øker presset på Newcastle-manager Glenn Roeder.
Tidligere Bolton-manager Sam Allardyce kan bli ny sjef på St. James' Park.
Owen spilte hele kampen for Newcastle.