Milner sørget for 1-1 med en frisparkperle.
Manchester City stanget og stanget i annen omgang, men enten sto stolpen eller Hull-keeper Allan McGregor i veien.
Men da hjemmelaget fikk frispark to minutter på overtid, var James Milner redningen.
Midtbanespilleren skrudde ballen rundt muren og inn i hjørnet og sørget for ett poeng. David Meyler scoret Hulls mål etter 34 minutter på en retur.
Den første halvtimen var preget av mye balltrilling fra vertene. Nærmest før scoringen var likevel Hull da Ahmed el-Mohamady headet i stolpen.
I annen omgang handlet det meste om Manchester City, men verken Sergio Aguero, Samir Nasri eller Edin Dzeko maktet å få ballen forbi Allan McGregor i Hull-målet, som stoppet alt inntil James Milner dukket opp.
Chelsea, med sin seier over Aston Villa (2-1), leder nå Premier League med sju poeng.