Lionel Messi jubler etter utlingingen. (Foto: Reuters/Scanpix)
Etter en målløs 1. omgang på Weserstadion tok hjemmelaget ledelsen etter 56 minutter.
Barcelonas kaptein Carles Puyol var så uheldig å sette ballen i eget nett da han forsøkte å stoppe et overlegg fra Aaron Hunt.
Hjemmelaget ledet inntil det 89. minutt og så ut til å være på vei mot en fortjent hjemmeseier, men da slo Barcelona til.
Ubeseiret
Med portugisiske Deco som tilretteletter og argentinske Messi som avslutter ble det 1-1.
Messi tuppet ballen tilsynelatende enkelt forbi Werder-keeper Tim Wiese.
Dermed er Barca fortsatt ubeseiret på 15 mesterligakamper.
- Jeg gleder meg over vårt gode spill, men det er skuffende å miste seieren rett før slutt, sa Bremen-spiller Torsten Frings.