Messi har tidligere uttrykt at han er stolt over at den nyvalgte paven er fra Argentina.
Han har sendt pave Frans en signert trøye med hilsenen «med mye kjærlighet», ifølge Vatikanet.
Det er den tredje drakten paven har mottatt i løpet av den siste tiden.
Tidligere denne uken fikk han en spansk landslagstrøye, signert av alle spillerne, fra Spanias statsminister Mariano Rajoy.
Pavens favorittklubb i hjemlandet, San Lorenzo, tidligere har sendt ham en trøye med påskriften «Pave Frans. La oss be for ham. Be for oss».