Makay gjorde 2-0 på et gjennomløp etter 11 minutter etter at Michael Ballack hadde sendt Bayern i ledelsen på et langskudd allerede etter tre minutter.
Michael Ballack omfavnes etter 1-0 målet. (Foto: Reuters/Scanpix)
Leverkusen reduserte på straffespark før nyinnkjøpte Ali Kamini gjorde 3-1 på volley etter en nydelig frispark-kombinasjon.
Makaay headet inn 4-1 og lobbet inn 5-1i 2. omgang før Leverkusen reduserte.
Få tyskere
Makaay er nå oppe i fem mål på to Bundesliga-kamper denne sesongen.
Ellers utpreget kampen seg ved at av de 22 spillerne som startet var bare seks tyskere.
München hadde to fra start, mens Leverkusen hadde fire i sin startoppstilling.