Den danske sisteskansen pådro seg en skade i ankelen på mandagens trening, melder britiske medier.
Ifølge the Telegraph har Lindegaard pådratt seg en vridning i ankelen.
Lindegaard har voktet Uniteds mål i de tre siste seriekampene.
David de Gea fikk sjansen i FA-cupkampen mot Liverpool, men spanjolen måtte tåle kritikk for det ene baklengsmålet da United ble slått 1-2.
Mandag meldte han seg syk, og trente derfor ikke. Blir han frisk, blir det imidlertid mest sannsynlig han som spiller, slik situasjonen er nå.
Wayne Rooney spiller trolig ikke mot Stoke, men det er ventet at Rio Ferdinand er tilbake i midtforsvaret til Manchester United.