Den franske landslagsmannen ble liggende etter et sammenstøt med Villarreal-spissen Giuseppe Rossi i slutten av første omgang.
Han haltet etter hvert av banen og ble erstattet av Johan Djourou.
- Det ser ganske alvorlig ut. Vi må undersøke kneet grundigere i morgen, men det ser ikke bra ut, sa manager Arsene Wenger etter 1-1-kampen.
Keeper Manuel Almunia mister trolig returkampen i London neste uke. Han slo opp en ankelskade helt i begynnelsen av kampen og måtte ut senere i første omgang.
- Det kan bli et par ukers pause, sa Wenger.
Lukasz Fabianski erstattet Almunia i målet og gjorde det bra.
- Jeg er svært tilfreds med ham. Uten oppvarming gjorde han to gode redninger med en gang. Jeg tenkte etter kampen på hvor viktig det er å ha to klassekeepere, sa Wenger.