Hjemmelagets George Boateng og Leeds' Nick Barmby havnet i tottene på hverandre, og TV-bildene antyder at Boateng spyttet mot en gruppe Leeds-spillere i det han forlot banen.
Nick Barmby benekter rasismepåstandene.
Boateng uttalte senere at Barmby hadde kommet med rasistiske uttalelser.
Barmby kaller Boateng en løgner, og sier han kommer med uttalelsene for å sverte ryktet hans.
Fotballforbundet skal nå granske TV-bildene og lede kamprapportene, samt avhøre de involverte spillerne.
Kampen mellom de to lagene var svært stygg, og både Leeds angriper Alan Smith and Middlesbroughs Franck Queudrue ble utvist.
Rasisme på og utenfor banen er blitt ett hett tema i engelsk fotball etter at blant andre Emile Heskey fikk rasistiske tilrop fra hjemmepublikummet under EM-kvalifiseringskampen mellom Slovakia og England 12. oktober.