Valencia hadde full kontroll på Basels hjemmebane, men fikk både rødt kort og et mål mot seg i de aller siste minuttene.
Dermed ble det bare 2-2. John Carew scoret to mål og gjorde forarbeide til de fire andre da Valencia vant hjemmekampen 6-2.
Basel-spillerne jubler over utligningen.
Likevel ble han plassert på benken tirsdag, litt av en gave for hjemmelaget. I stedet for ledelse til de spanske favorittene, var det Basel og Ivan Ergic som scoret det første målet etter 32 minutter, for øvrig mål nummer 2500 i mesterligaens historie.
Men hjemmelaget ble raskt satt på plass av det spanske laget. Bare fire minutter senere ordnet Ruben Baraja 1-1.
Valencia var imidlertid ikke i nærheten av nivået de holdt i forrige kamp mot det sveitsiske laget, og måtte nøye seg med ett mål før pause.
Også etter hvilen hadde de trøbbel med å få ballen i mål, og det gikk nesten en halv time før Curro Torres endelig sendte Valencia i ledelsen.
John Carew ble byttet inn etter 80 minutter og skapte umiddelbart en sjanse som lagkameraten Angulo misbrukte.
Men i stedet for å få være med på å sikre avansementet, måtte Carew se hjemmelaget knipe ett poeng.
Først fikk Roberto Ayala sitt andre gule kort for kvelden og ble utvist for å ta igjen mot Hakan Yakin, så scoret australieren Ergic da han styrte inn et frispark fra Yakin.
Dermed avga Valencia sine første poeng og er ikke garantert avansement til mellomspillet.
Laget har 10 poeng på fire kamper. Poenget til Basel betyr at laget er bare to poeng bak Liverpool i kampen om 2. plassen i gruppa.
Basel møter det engelske laget på hjemmebane i siste runde.