50-åringen kastet inn håndkleet etter at en serie med dårlige resultater har ført Mallorca ned til sisteplass i den spanske toppdivisjonen.
Ifølge spansk presse får Tomeu Llompart ansvaret som midlertidig trener mens klubben leter etter en ny hovedtrener.
Cuper mente det var nok etter at Mallorca søndag bare klarte 1-1 hjemme mot Getafe, lagets niende kamp på rad uten seier.
Hector Cuper overtok som Mallorca-trener i november 2004. Det var annen gang han hadde treneransvaret i klubben. Han har også vært trener for blant annet Valencia, der han hadde John Carew i stallen, og Inter.