Seier 3-2 tirsdag var ett mål for lite til å få ekstraomganger og en ny sjanse. Chelsea gikk videre med 6-5 sammenlagt etter å ha vunnet den første kvartfinalekampen 4-2.
I semifinalen møter den engelske serielederen vinneren av kvartfinalen mellom Liverpool og Juventus, som avgjøres onsdag.
Selve finalen spilles i tyrkiske Istanbul 25. mai.
Med innbytter Mehmet Scholls overtidsscoring tok hjemmelaget ledelsen for første gang i kampen, etter at en annen innbytter, Jose Paolo Guerrero, utlignet til 2-2 i siste ordinære spilleminutt.
Før det hadde Chelsea kampen i sin hule hånd. Tyskerne var i alvorlig trøbbel da den engelske serielederen tok kontroll etter halvtimen.
I ledelse
Tyskerne håpet i det lengste før kampen at Bayern München skulle utrette mirakler. Selv om laget slapp inn fire mål på Stamford Bridge i det første kvartfinalemøtet for en uke siden, scoret det to viktige bortemål.
Seier 2-0 på hjemmebane ville holde til avansement. Men drømmen varte ikke lenge. Noen sekunder før halvtimen var
passert, gikk luften ut av tyskerne. Frank Lampard sendte av gårde et langskudd som gikk via føttene til forsvarer Lucio og keeper Oliver Kahn og i mål.
Bayern var tre mål unna og tilsynelatende sjanseløse på semifinalespill.
Scoringen kom litt mot spillets gang og var av den heldige typen. Før det hadde hjemmelaget den største målsjansen da Bastian Schweinsteiger driblet seg forbi Chelsea-forsvaret og skjøt like utenfor drøyt kvarteret ut i kampen.
I tillegg hadde Michael Ballack to gylne sjanser som ble misbrukt i 1. omgang.
Nytt liv
Kvarteret ut i 2. omgang rotet hjemmeforsvaret og ga Damien Duff en gratissjanse. Bare en våken Oliver Kahn avverget ny scoring.
25 minutter før slutt startet Bayern München et stormløp mot Chelsea-målet. Claudio Pizarro scoret enkelt på en stolperetur etter heading av Ballack. Kampen fikk nytt liv.
Fire minutter senere var Robert Huth nær ved å nikke ballen i eget mål etter et innlegg fra Bixente Lizarazu, men ballen traff tverrliggeren. Minuttet etter reddet Eidur Gudjohnsen på strek.
Ut fra intet ga Didier Drogba alt da Bayern München-forsvaret trodde det hadde kontroll og sendte Chelsea foran igjen.
Ivorianeren dunket inn 2-1-målet med pannebrasken etter innlegg fra Joe Cole.
To nye Bayern-scoringer ga dermed ikke annet enn et syltynt plaster på såret. Tyskernes sluttspurt startet for sent.
Frank Lampard setter inn det viktige 1-0-målet via Bayerns Michael Ballack (Foto: Scanpix)