Kampen ble stoppet tidlig i annen omgang da Roma-tilhengerne lagde «apelyder» mot Balotelli.
Da hadde bortefansen allerede blitt advart over høyttaleranlegget om at kampen kunne bli avlyst.
– Rystet over å lese om rasismen i serie A i går kveld. Det er et komplekst problem å takle, men vi er forpliktet til handling, ikke bare ord, skriver Blatter via sin Twitter-konto.
Bekymret for Balotelli
Milan-spillene Balotelli og Kevin-Prince Boateng har tidligere snakket ut offentlig om rasismen de opplever fra tribunene i Italia.
Trener Massimiliano Allegri sa søndag at han var bekymret for Balotelli.
– Mario Balotelli ble overvunnet i kveld. Han ga alt, men han er 22 år og er utsatt for flere og flere rasistiske fornærmelser. Det gjør ham ikke godt, sa Allegri.