Real Madrid ledet 1-0 mot regjerende mesterligamester Bayern München, men Effenberg og Pizarro snudde kampen mot slutten.
Den kamerunske landslagsspilleren Ndjitap Geremi, erstatter for skadde Luis Figo, satte en støkk i hjemmelaget da han scoret allerede etter 11 minutters spill med et skudd fra 20 meter.
I kjent stil var det Stefan Effenberg som dro i land seieren for Bayern.
Anført av en opplagt Zinedine Zidane så Real Madrid ut til å gå mot sin aller første seier på Olympiastadion i Munchen.
Tyskerne brukte lang tid på å svare, men da de først satte inn sluttspurten fikk spanierne nok å stri med.
Reddet æren
Kaptein Stefan Effenberg misbrukte først en gyllen anledning til å utligne etter 72 minutters spill da han bommet på straffespark.
Real-keeper Cesar reddet lett det løse skuddet. Men da han fikk sjansen igjen feilet ikke veteranen.
Den viktige utligningen kom fra kort hold etter 81 minutters spill. Seks minutter senere gjorde Claudio Pizarro 2-1 og borteoppgaven svært mye lettere for det tyske mesterlaget.
Returkampen spilles på Santiago Bernabeu stadion i Madrid neste onsdag, og takket være de siste ti minuttene av tirsdagens oppgjør lever mesterligahåpet videre for Bayern Munchen.
Kampfakta
Bayern München - Real Madrid 2-1 (0-1)
Olympiastadion 60.000 tilskuere
Mål: 0-1 Geremi (12), 1-1 Effenberg (81), 2-1 Pizarro (87).
Dommer: Hugh Dallas, Skottland Gult kort: Sagnol, N. Kovac, Bayern München, Helguera, Real Madrid.