Roy Makaay jubler etter å ha scoret seiersmålet. (Foto: AP/Scanpix)
Fire poeng skiller ned til serietoer Hamburg når kun en runde gjenstår før tyskerne tar sin vinterferie.
Det er 15. gang Bayern leder serien halvveis, og bare to ganger tidligere har laget gått glipp av seriegullet etter en slik start.
Kaptein Michael Ballack headet Bayern i tet etter 26 minutter, men fem minutter før pause utlignet Boubacar Sanogu overraskende.
Det skulle bety lite all den tid Roy Makaay ordnet 2-1 fra straffemerket, mens Bayern-keeper Oliver Kahn senere reddet Erwin Skelas forsøk fra 11-meteren.
Werder-seier
I søndagens andre kamp vant Werder Bremen fortjent 4-1 borte mot Köln.
Miroslav Klose (2), Naldo og Johan Micoud scoret målene for nordtyskerne som er på tredjeplass to poeng bak Hamburg.