– Dette var et steg tilbake. Av og til er det vanskelig å forklare hvorfor man taper. De hadde bare en sjanse. Vi gjorde alt unntatt å score, sa Andres Iniesta etter kampen.
Katalanerne klarte ikke å score mot hardtarbeidende Atlético i mesterligaens kvartfinale.
For første gang på sju år spilles semifinalene uten den katalanske klubben.
Nå skulle Lionel Messi og stjernegalleriet slå tilbake mot Granada, som lå på 16.-plass før oppgjøret.
Men i stedet for å ta over tabelltoppen, ga de rivalene en gyllen sjanse til å rykke i fra.
Nykomponert backrekke
Trener Gerardo Martino måtte stable en improvisert forsvarsfirer på beina med reservene Adriano og Martino Montoya på backplass og midtbanespillerne Javier Mascherano og Sergio Busquets i midtforsvaret.
Granada utnyttet usikkert forsvarsspill da Yacine Brahimi stormet forbi Busquets og scoret.
Neymar, Cesc Fàbregas, Lionel Messi og Andres Iniesta hadde mange gode sjanser til å utligne da Barcelona dominerte kampen, men Orestis Karnezis storspilte i hjemmelagets mål.
Real kan gå forbi
Pedro hadde den siste Barcelona-sjansen på overtid, men Karnezis reddet og løftet Granada til tre kjærkomne poeng som gir seks poengs luke til nedrykksstreken.
Nå er de ett poeng bak Atlético med én kamp mer spilt.
Real Madrid kan gå forbi med seier over Almeria senere lørdag.
Atlético Madrid møter Getafe på bortebane søndag kveld.
– Nå har vi ikke lenger avgjørelsen i egne hender. Jeg kunne ikke bedt om mer fra spillerne. De prøvde alt for å score og skapte mye, men det var ikke vår dag, sa Martino.