Lagkamerat Franco Pellizotti forsvarte den rosa ledertrøya.
Liquigas-rytteren Bennati har to etappeseirer i Tour de France og tre i Vuelta a Espana på merittlista, men italieneren hadde aldri lykkes i hjemlandets store etapperitt før han tråkket fra tetrivalene i spurten i Milazzo.
Den tyske veteranen Eric Zabel ble nummer to og hans landsmann Danilo Hondo nummer tre.
Flere stygge velt
Den 221 kilometer lange etappen på Sicilia var skjemmet av flere stygge velt.
For den australske CSC-rytteren Bradley McGee er rittet over. Han skadet seg da han veltet et par mil fra mål, og kunne ikke fortsette.
Søndagens etappevinner Riccardo Ricco var også uheldig og fikk et ublidt møte med asfalten. Han greide å fullføre med brudd i pekefingeren.
Rittet beveger seg tirsdag fra Sicilia til fastlandet med en 183 kilometer lange 4. etappen fra Pizzo Calabro til Catanzaro-Lungomare.