38-åringen hadde dagens første velt allerede etter sju kilometer på dagens 189 kilometer lange etappe.
Han gikk i asfalten sammen med ti andre ryttere, blant dem sammenlagtstoer Cadel Evans.
Armstrong kom seg ganske raskt opp til hovedfeltet igjen med hjelp av tre av sine lagkamerater.
Skrammer på albuen
51 kilometer før mål gikk Armstrong i asfalten igjen, rett før rytterne skulle ta fatt på første-kategori-stigningen opp til Col de la Ramaz.
Han byttet sykkel og fikk hjelp av fire lagkamerater, men var tydelig forslått.
Blant annet hadde han revet opp trøya, og også skrammer på venstre albue.
Det var den samme albuen som Armstrong skadet da han veltet i Tour of California i mai,
Mer uflaks
17 kilometer før mål gikk lagkameraten Egoi Martinez i bakken rett foran Armstrong.
Den sjudobbelte Tour-vinneren falt ikke selv, men måtte stoppe opp for å unngå å falle.
Armstrong ser sliten ut, og det ser ut til at han kommer til å tape tid til de hardeste konkurrentene på dagens etappe.
Dagens etappe er den første skikkelige klatreetappen på årets Tour og har to første-kategori-stigninger, deriblant opp til mål i Morzine-Avoriaz.