Renault-føreren slo hjemmefavoritten Nick Heidfeld (Williams), mens brasilianske Rubens Barichello ble nummer tre.
Alonso tok fordel av, og vant på, at finske Kimi Raikkonen krasjet og kjørte ut på den siste runden. Alonso jaget Raikkonen, som har vunnet de to siste løpene, da finnens dekk ble ødelagte av slitasje.
Heidfeld kom på andreplass i sitt andre løp på rad.
Europas Grand Prix søndag, VM-runde formel 1:
1) Fernando Alonso, Spania (Renault) 1.31.46,648 (snittfart 198,555 km/t, 2) Nick Heidfeld, Tyskland (BMW-Williams) 16,5 sek. bak, 3) Rubens Barrichello, Brasil (Ferrari) 18,5, 4) David Coulthard, Storbritannia (Red Bull Racing) 31,5, 5) Michael Schumacher, Tyskland (Ferrari) 50,4, 6) Giancarlo Fisichella, Italia (Renault) 51,9, 7) Juan Pablo Montoya, Colombia (McLaren-Mercedes) 58,1, 8) Jarno Trulli, Italia (Toyota) 1.11,0, 9) Vitantonio Liuzzi, Italia (Red Bull Racing) 1.11,5, 10) Jenson Button, Storbritannia (BAR-Honda) 1.35,7, 11) Kimi Raikkonen, Finland (McLaren-Mercedes) 1 runde bak, 12) Takuma Sato, Japan (BAR-Honda) 1 runde, 13) Jacques Villeneuve, Canada (Sauber-Petronas) 1 runde, 14) Felipe Massa, Brasil (Sauber-Petronas) 1 runde, 15) Tiago Monteiro, Portugal (Jordan) 1 runde, 16) Narain Karthikeyan, India (Jordan) 1 runde, 17) Christijan Albers, Nederland (Minardi) 2 runder, 18) Patrick Friesacher, Østerrike (Minardi) 3 runder.
Brøt: Mark Webber, Australia (BMW-Williams) 1. runde, Ralf Schumacher, Tyskland (Toyota) 33. runde.
VM førere (7 av 19 løp):
1) Alonso 59, 2) Raikkonen 27, 3) Trulli 27, 4) Heidfeld 25, 5) Webber 18, 6) Fisichella 17, 7) R. Schumacher 17, 8) M. Schumacher 16, 9) Montoya 16, 10) Barrichello 15.
VM lag:
1) Renault 76, 2) McLaren-Mercedes 53, 3) Toyota 44, 4) BMW-Williams 43, 5) Ferrari 31, 6) Red Bull Racing 19, 7) Sauber-Petronas 7.
Neste løp er Canadas Grand Prix i Montreal 12. juni.