Jarno Trulli fra Italia kom på andreplass under formel 1-konkurransen. Det er første gang Toyota er på pallen under en formel 1-konkurranse.
Tyske Nick Heidfeld kom på tredjeplass under sesongens andre formel 1 Grand Prix.
Mesterskapssleder Giancarlo Fisichella ble presset ut av løpet da han krasjet med Mark Webber.
Pole position
Alonso kjørte ut fra pole position, og overkom små styringsproblemer mot slutten for å holde Trulli bak seg.
Den tyske verdensmesteren Michael Schumacher tok sine første poeng for sesongen, da han kom på 7. plass.
Malaysias Grand Prix formel 1 søndag:
1) Fernando Alonso, Spania (Renault) 1.31.33,736 (snittfart 203,407 km/t)
2) Jarno Trulli, Italia (Toyota) 24,327 sek. bak
3) Nick Heidfeld, Tyskland (Williams-BMW) 32,188
4) Juan Pablo Montoya, Colombia (McLaren-Mercedes) 41,631
5) Ralf Schumacher, Tyskland (Toyota) 51,854
6) David Coulthard, Storbritannia (Red Bull) 1.12,543
7) Michael Schumacher, Tyskland (Ferrari) 1.19,988
8) Christian Klien, Østerrike (Red Bull) 1.20,835
9) Kimi Raikkonen, Finland (McLaren-Mercedes) 1.21,580
10) Felipe Massa, Brasil (Sauber-Petronas) 1 runde bak
11) Narain Karthikeyan, India (Jordan) 1 runde
12) Tiago Monteiro, Portugal (Jordan) 1 runde
13) Christijan Albers, Nederland (Minardi) 1 runde
Fullførte ikke: Rubens Barrichello, Brasil (Ferrari) 49 runder, Giancarlo Fisichella, Italia (Renault) 36 runder, Mark Webber, Australia (Williams-BMW) 36 runder, Jacques Villeneuve, Canada (Sauber-Petronas) 26 runder, Jenson Button, Storbritannia (BAR-Honda) 2 runder, Anthony Davidson, Japan (BAR-Honda) 2 runder, Patrick Friesacher, Østerrike (Minardi) 2 runder.
Kvalifisering: 1) Alonso 3.07,672 (1.32,582-1.35,090), 2) Trulli 3.07,925 (1.32,672-1.35,253), 3) Fisichella 3.08,448 (1.32,765-1.35,683).
VM førere (2 av 19 løp):
1) Alonso 16
2) Fisichella 10
3) Trulli, Barrichello, Coulthard og Montoya 8
7) Heidfeld 6
8) R. Schumacher og Webber 4
10) Klien 3
11) M. Schumacher 2
12) Raikkonen 1
VM lag:
1) Renault 26
2) Toyota 12
3) Red Bull 11
4) Ferrari 10
5) Williams 10
6) McLaren 9
Neste VM-løp er Bahrains Grand Prix 3. april.