Politiet fikk melding om hendelsen klokken 3.12, opplyser operasjonsleder Eyvind Formo i Agder politidistrikt til NTB.
Sørlandet sykehus opplyser på Twitter at mannen er alvorlig skadd, men at tilstanden er stabil.
– Han har kjørt inn i en sjøbod og en brygge, og deretter har båten gått ned. Politiet mistenker at han har kjørt i påvirket tilstand og har opprettet sak, sier Formo.
Båten, som har etterlatt seg hull i veggen på sjøboden, ligger nå på grunt vann.
Alt tyder på at det bare har vært én person om bord i båten, mener politiet.
Lørdag ettermiddag jobbet redningsskøyta Inge Steensland for å heve båten som ligger delvis under vann.