Den regjerende europamesteren på samme distanse utendørs nådde ikke opp i et sterkt felt i Beograd.
23-åringen hadde bare 17. beste tid med 3.51,25. Han ble nummer seks i det som var det klart svakeste heatet.
Det skilte 8,16 sekunder opp til kvalifiseringens bestemann, tyske Timo Benitz. De to beste fra hvert heat gikk videre.
Tre løpere fikk også finaleplass på tid, der den svakeste lød på 3.45,56.
– Åh, det var tungt. Da farten ble skrudd opp, hadde jeg ikke noe å svare med. Det var tommelen ned. Et møkkaløp. Det ble et sjokk for kroppen, sa Ingebrigtsen i et videointervju til Norges Friidrettsforbund (NFIF).
Enkelt for Henrik
Storebror Henrik Ingebrigtsen lyktes derimot mye bedre på 3000 meter. Han gikk enkelt videre til EM-finalen med tredje beste tid i fredagens kvalifisering.
Rogalendingen var i mål på 7.55,26. Han ble nummer tre i det som var det klart sterkeste heatet i Beograd.
Ingebrigtsen ble slått med 33 hundredels sekund av Jonas Leandersson fra Sverige. Den italienske toeren Marouan Razine var foran med 9/100.
– Dette gikk mer eller mindre som planlagt. Målet var å kontrollere inn en tredje- eller fjerdeplass, helst tredje slik at du ikke plutselig blir tatt på målstreken og blir nummer fem. Alt i alt er jeg godt fornøyd med hvordan kroppen fungerer. Jeg har ikke glemt helt det taktiske og hvordan man springer et løp, sa Henrik Ingebrigtsen til NFIF.
26-åringen har 7.45,54 som bestenotering på 3000 meter innendørs. Den ble satt i mars 2015.
Marius Øyre Vedvik klarte ikke å kvalifisere seg. Med 8.06,69 hadde han 15. beste tid, og det var kun de tolv raskeste som gikk videre.
Ingen Jakob
Før mesterskapet sa pappa Gjert Ingebrigtsen følgende om sønnenes ambisjoner i Serbia:
– Begge forventer å kjempe om medaljer. Samtidig må vi være edruelige og tenke at vi bestemte oss for å delta for bare noen dager siden, og dette er en pause fra vintertreningen, men man gir alltid alt når man får startnummer på brystet. Med samme nivå som de har prestert tidligere er det medaljer som er forventningen, sa han til NTB.
For Filip ble det bare med et løp i Serbia. For Henrik venter finalen på 3000 meter søndag klokken 16.55.
Yngstebror Jakob Ingebrigtsen fikk hjelp av brødrene i forsøket på å greie EM-kravet på 1500 meter på overtid, men åpnet for hardt og mislyktes under et stevne i Sandneshallen i slutten av februar.
– Det var litt uheldig at Jakob ikke kunne være med, men han løper under ungdomsmesterskapet i Rud, så han får løpt konkurranse han også, opplyste Gjert Ingebrigtsen tidligere i uken.