Flyplassutbyggingen innebærer bruk av skadelige kjemikalier, og området som skal bygges ut, har avrenning til drikkevannskilden Vansjø som er svært utsatt for forurensing fra før.
Forsvarsbygg skriver i søknaden sin at de vil overvåke grunnvann og bekker, og sette i gang tiltak hvis det påvises kjemikalier.