Mikkelsen var nærmest Latvala i tetstriden gjennom hele helgens asfaltrally, men finnen ble for vrien å hanskes med.
Til slutt endte den norske Volkswagen Polo-føreren 44,8 sekunder bak stallkameraten.
Mikkelsen vant to av de totalt 18 fartsprøvene i Rally Frankrike. Begge tok han under åpningsetappen fredag. Latvala vant på sin side ni av fartsprøvene.
Mads Østberg kjørte inn til seier på søndagens nest siste fartsprøve. 26-åringen, som kjører i Ford Fiesta, endte sammenlagt på en 7.-plass. Han var 3.02,5 minutter bak teten.
Latvalas triumf i Frankrike sørget for spenning i kampen om VM-tittelen. Når to runder gjenstår er han bare 27 poeng bak regjerende mester Sebastien Ogier, som misbrukte sjansen til å sikre seg tittelen på hjemmebane.
Ogier fikk tidlig rallyet ødelagt. Han tapte fredag fire minutter på grunn av girproblemer. Senere samme dag ble han ilagt en tidsstraff på like mange minutter for å ha kommet for tidlig til tidskontrollen på en fartsprøve. Totalt endte Ogier på 13.-plass, 8.36,1 bak Latvala.
(NTB)