Sean Fitzpatrick ble arrestert på flyplassen i Dublin og vil bli siktet for finansielle regelbrudd, ifølge en anonym kilde.
Han har også tidligere vært pågrepet, men har aldri tidligere blitt framstilt for retten.
Fitzpatrick ledet Anglo Irish Bank da den bygget seg opp til å bli den mest vellykkede institusjonen gjennom sin lånevirksomhet under den irske oppgangsperioden.
Da eiendomsboblen brast, gikk banken på enorme tap og ble overtatt av staten. Det kostet irske skattebetalere over 30 milliarder euro, og bidro sterkt til at landet måtte be om internasjonal hjelp.
Mandag ble to andre banktopper framstilt for retten, anklaget for å ha forsøkt å manipulere kursen på bankaksjen da den falt som en stein i 2008.