Myndighetene i Bergamo mener at lavbudsjettselskapet har betalt avgifter til Irland i stedet for Italia for personell som flyr inn og ut av Bergamo.
Det forteller en kilde som har direkte kjennskap til etterforskningen, til nyhetsbyrået Reuters.
I Irland er arbeidsgiveravgiften på rundt 12 prosent, mens den i Italia er på 37 prosent.
Ifølge kilden har Ryanairs direktør, Michael O'Leary, vært i det italienske politiets søkelys siden 2010.
Ryanair vil ikke kommentere saken, men understreker at de respekterer EU-reglene.
NRK har tidligere kunnet fortelle om uklare skatteforhold også for nordmenn ansatt i det irske flyselskapet.
Piloter har fortalt hvordan selskapet tvinger dem til å opprette enkeltmannsforetak i Irland, og dermed i praksis tvinger dem til å bli nullskatteytere.
Les mer:
– Vi vil gjøre ting korrekt og vi ønsker ikke å være nullskatteytere, kunne en fortvilt Ryanair-pilot si anonymt til NRK.
Må opprette enkeltmannsforetak i Irland
Informasjon fra piloter, kontrakter og andre papirer fra Ryanair og deres leverandører som NRK har sett viste hvordan de har etablert en struktur som gjør pilotene til null- eller lavskatteytere.
Måten selskapet driver på gjør at en pilot NRK har snakket med sitter bak spakene i fly med Ryanair-logo uten å betale nevneverdige skatter og avgifter til hverken Norge eller andre land.
Tidligere i år startet Skatteetaten granskning av piloter og flybransjen, og flere piloter er bekymret for at de blir sittende igjen med problemet.
– Det er klart vi er bekymret for å få en norsk skattesak mot oss. Da er det veldig vanskelig for oss å forholde oss til en norsk-irsk skatteavtale som definerer vårt ansvar i Irland, sa Ryanair-piloten som NRK snakket med.
For irske Ryanair bruker norske piloter til å bemanne sine fly.
Dokumentasjonen NRK har sett viser hvordan Ryanair og kontraktørselskapet skyver alt ansvar over på pilotene selv:
- Skal ansees som «konsulent» – ikke pilot eller på noen annen måte ansatt i Ryanair
- Tvinges til å opprette enkeltmannsforetak i Irland
- Enkeltmannsforetaket må ta alt ansvar for skatter og avgifter – problemer knyttet til dette er oppsigelsesgrunn
- Pilotene er direkte knyttet til Ryanair, selv om de har kontrakt gjennom kontraktørselskapet
- Strukturen der pilotene tvinges til å opprette enkeltmannsforetak i Irland ender med at mange ikke betaler skatt.
– I Irland er systemet bygget opp slik at jeg ikke skal skatte noe annet enn trygdeavgift før jeg har et overskudd i mitt irske selskap, sa piloten NRK snakket med.
Slik piloten tolker det er nullskatte-forholdet lovlig etter irsk lovgivning, men han sier at flere piloter er nervøse for hva norske skattemyndigheter kan finne på siden de bor i Norge.
Les også: