Den foreslåtte rabattreformen var opprinnelig ment som en kompensasjon til medlemsland som bidrar mye. Systemet vil innebære en reduksjon i EU-innbetalingen for land som Storbritannia, Tyskland, Sverige, Nederland og Østerrike.
EU-kommisjonen foreslår også en unionsomfattende skatt på finansielle transaksjoner fra 2014. Kommisjonen håper en skatt på pengeoverføringer vil bringe 50 milliarder euro i inntekter til Unionens budsjett hvert år.
Opposisjon fra Storbritannia og Tyskland mener imidlertid det vil bli vanskelig å oppnå den enstemmige støtten som forslaget krever for å bli iverksatt.
– Det er tydelig at det er en sterk ideologisk motstand mot dette i flere land, inkludert Storbritannia, sier en diplomatisk kilde i EU til Reuters.
Kommisjonen ønsker også å fryse utgiftene til landbruk i EU-land, som i dag utgjør den største delen av EUs budsjett.
Forslagene er en del av planene for Unionens neste langsiktige budsjett for årene 2014 til 2020. Budsjettdiskusjonene startet onsdag i EU-kommisjonen, som er EUs utøvende organ.