Under den tyske invasjonen i april 1940 vart Lærdalsøyri bomba med brannbomber av tyskarane. Bombene gjorde liten skade, men ein eldre mann døydde under evakueringa av tettstaden.
Soldatar frå Vestlandet vart sende gjennom Lærdal for å møte den tyske framrykkinga i Valdres. Av dei 46 norske soldatane som fall i Valdres var 11 frå Sogn og Fjordane. Under kampane vart Tyin Hotell nytta som feltlasarett. Ved sjukehuset i Lærdal vart 15 såra norske og 19 tyske soldatar behandla.
Ei av dei mest dramatiske hendingane i Sogn og Fjordane under invasjonen i april 1940 bar til i Borlaugkrysset i Borgund den 29. april. 150 tyske soldatar som kom over Hemsedalsfjellet gjekk til åtak på ei gruppe norske soldatar som var under røming vestover frå kampane i Valdres. Fire nordmenn fall, alle frå Austlandet:
Harry Hansen frå Asker,
Kristian Johansen Kullerud frå Røyken,
Jens Stenberg frå Søndre Land og
Kåre Vestgård frå Nord-Odal.
Kampane i Sør-Noreg tok slutt 1. mai. Same dag kom leiaren for den tyske operasjonen i Valdres, generalmajor Engelbrecht til Lærdal. Han var sjef for 163. infanteridivisjon (seinare kjend som den divisjonen som i 1941 fritt fekk krysse Sverige på veg til nordfronten i Finland).
To bataljonar vart plasserte i Indre Sogn, som fram til desember 1940 var det militære tyngdepunktet for tyskarane i Sogn og Fjordane. Seinare fekk kysten mest all merksemd. I Lærdal vart det plassert ut over 1000 soldatar i brakker på ekserserplassen på Øyramarki, på Tønjum, og i bustadhus oppover heile dalen. Maristuen Hotell vart ei tid rekvirert av Gestapo.
Vegen gjennom Lærdal hadde stor strategisk betydning, og vart underminert fleire stader av tyskarane. På strekninga Seltun - Husum vart det bygd fleire miltraljøsereir og bombekastarstillingar som ein framleis ser i terrenget, og i Erdal og kring hamna på Lærdalsøyri vart det bygd forsvarsverk for å møte ein eventuell alliert landgang.