Det stadfesta Muscat på ein TV-sendt pressekonferanse klokka 3 natt til fredag etter eit hastemøte i nasjonalforsamlinga.
Fenech bad om benådning mot at han ville gi påtalemakta informasjon om drapet på gravejournalisten i 2017.
Forretningsmannen vart arrestert førre onsdag, men hevdar at Muscats tidlegare stabssjef Keith Schembri, som gjekk av tidlegare denne veka, stod bak drapet.
Under pressekonferansen sa statsministeren at det ikkje er grunnlag for benådning, og at avgjerda var einstemmig.
– Yorgen Fenech bad for andre gong om benådning etter å ha komme med beskyldninger om Keith Schembri. Eg ville ikkje bere ansvaret og kalla inn regjeringa, sa Muscat.
Hastemøtet varte i over seks timar.
Maltas statsminister Joseph Muscat seier at det ikkje er grunnlag for benådning av forretningsmannen Yorgen Fenech som førre veke vart arrestert i samband med drapet på journalist Caruana Galizia.
Foto: Jonathan Borg / Zigli Jonathan BorgHevdar å ha bevis
Daphne Caruana Galizia vart drepe av ei bilbombe 16. oktober 2017. Utviklinga i etterforskinga auka etter at Fenech vart arrestert førre veke.
Ifølgje maltesiske medium har Fenech bevis som knyter stabssjefen til drapet, men han nektar å gi opp desse før han blir løyvd vern mot rettsleg forfølging.
Fenech vart i fjor avslørt som eigaren av eit mystisk Dubai-registrert selskap med namnet 17 Black.
Korrupsjonsskuldingar
Berre månader før Galizia vart drepen, skreiv ho om 17 Black, og skulda regjeringsmedlemmer og personar med nært samband til regjeringa for korrupsjon.
Selskapet hadde kopling til Maltas turistminister Konrad Mizzi og stabssjef Schembri. Begge har nekta for skuldingar om at dei har tatt imot betaling frå det mystiske selskapet.
Både Schembri og Mizzi kunngjorde tysdag at dei går av. Kort tid seinare opplyste finansminister Christian Cardona at han suspenderer seg sjølv frå stillinga fram til etterforskinga av drapet er avslutta.
Cardona har vore i eit kort politiavhøyr om saka, men avviser å ha noko å gjere med drapet.
Krev avgangen til statsministeren
Statsminister Muscat møter stadig auka press om å gå av.
I fem dagar har demonstrantar samla seg utanfor Muscats kontor for å krevje avgangen hans. Onsdag kravde opposisjonen det same, men statsministeren nekta.
Muscat ville torsdag ikkje kommentere arrestasjonen av Schembri, og sa at han ikkje vil gi kommentarar før etterforskinga er ferdig.
