Arntzen-fraværet ble bekreftet av landslagssjef Thorir Hergeirsson da han møtte pressen i ettermiddag.
Vipers Kristiansand-spilleren Hegh Arntzen ble sammen med Heidi Løke matforgiftet under et restaurantbesøk tidligere denne uken.
Det tvang duoen til å stå over tirsdagens møte med Polen.
Kan bli rekord-rekke
Dersom Norge unngår tap mot tsjekkerne, vil det være lagets 29. strake kamp uten nederlag. En slik rekke har håndballjentene aldri tidligere klart.
Tsjekkia skal normalt sett ikke ha en mulighet mot Norges hurtige spill.
Løke er nå tilbake i full trening og klar for kamp, men for Hegh Arntzen har det tatt lengre tid. Landslagsprofilen må i stedet håpe på å rekke fredagens kamp mot Sverige.
– Selvtillit er ferskvare
De norske jentene er storfavoritter mot Tsjekkia, men landslagssjef Hergeirsson tar ingenting for gitt.
– Tsjekkia er et bra lag med gode skyttere, sier han og legger til at målet er å gå videre som gruppevinnere.
– Vi jobber med å vinne gruppen. Selvtillit er ferskvare, sier islendingen.
Cuprundene i VM starter til helgen. Det er ikke avklart om Norge skal ut i åttedelsfinale søndag eller mandag.