En 27 år gammel kvinne fikk alvorlige bruddskader i sammenstøtet, opplyser sykehuset i Kristiansund.
To andre personer ble også sendt til sykehus, en av de ble liggende over natta til observasjon.
Fem biler fikk skader.
Politiet skal avhøre vitner og mannskap over helgen. Samtidig vurderer Sjøfartsinspektøren om det skal holdes sjøforklaring.
MRF håper at bilfergen Aukra skal være i drift igjen i løpet av dagen.