I 1969 vant hun Grammy-statuetten for beste kvinnelige sangprestasjon med «Is That All There Is?». Lee var nominert til Grammy Awards hele 12 ganger.
Peggy Lee slet med hjerteproblemer og måtte gjennom en større operasjon allerede i 1985. Hun fikk sitt første slag i 1989 og led av diabetes. Peggy Lee døde i sitt eget hjem i Los Angeles.