De såkalte Annie Awards er animasjonsfilmenes prisutdeling, og "Oppdrag Nemo" gjorde nærmest rent bord blant filmene som kom ut i 2003. Disney/Pixar-filmen fikk blant annet prisene for beste spillefilm, beste regi og beste stemmer.
"Oppdrag Nemo" fikk også priser for beste musikk og beste manus. Filmen er ifølge AP også fjorårets mest innbringende animasjonsfilm. Den har til nå spilt inn 5,4 milliarder kroner på verdensbasis.