I en erklæring sendt ut av Det hvite hus heter det at de to lederne oppfordret til mye sterkere forpliktelser og raskere levering av assistanse til de tre hardest rammede landene.
Obama ba FNs medlemsland støtte FN-appellen om bistand og bidra med personell, utstyr og forsyninger som trengs for å få bukt med epidemien.
Obama snakket mandag også med Frankrikes president François Hollande, og de to ble enige om at behandlingssentre er noe av det som trengs mest. Frankrike har varslet at de skal bygge opp behandlingssentre i Guinea.
Over 4.000 mennesker har hittil dødd av viruset i Guinea, Sierra Leone og Liberia.
Årsaken til at epidemien har kunnet komme ut av kontroll, er underutviklede helsesystemer i de tre fattige landene og en sein internasjonal respons.
USA forbereder seg på å sende 4.000 soldater i løpet av oktober som skal bygge opp behandlingssentre i Liberia.