Uværet har vært varslet i flere dager, og var ventet å treffe Japan torsdag ettermiddag. Rundt klokken 23.00 lokaltid ankom tyfonen Shikoku, en av Japans fire hovedøyer, og syv timer senere traff den hovedøya Honshu.
To personer er døde og 32 skadet som følge av uværet, skriver Japan Times.
Flere steder er det meldt om over 700 millimeter nedbør og en rekke landsbysamfunn i kystområdene er rammet. Blant annet er 11 hus ødelagt og 55 hus oversvømt.
Tyfonen beveger seg nå 15 kilometer i timen, ifølge Meteorologisk institutt i Japan.
Da Nangka traff land lå den på laveste nivå på Saffir-Simpson orkanskalaen med om lag 75 mph, skrivet nettstedet Weather.
Det er ventet at tyfonen glir over Japan og ut i Japanhavet i løpet av fredag og lørdag og at den så svekkes til et mer normalt tropisk lavtrykk.
Hundretusener evakuert
Japanske myndigheter har bedt 550 000 mennesker om å evakuere, og det ekstreme været har også ført til forsinkelser og kanselleringer i tog- og flytrafikken.
Torsdag ble over 120 innenriksflyvninger og flere togavganger kansellert. I kjølvann av tyfonen frykter de japanske myndighetene flom, leirskred og store bølger.
Samtidig som Nangka herjer i Japan traff tyfonen «Chan-Hom» Kina for noen dager siden. 8. juli var tre tyfoner aktive i det vestlige Stillehavet. Ifølge Weather er dette første gang på over 20 år.