Overlevende forteller om forferdelige forhold. Tre menn har hver for seg fortalt BBC at folk ble knivstukket, hengt eller kastet over bord.
700 migranter fra Burma og Bangladesh som var om bord i båten får hjelp av indonesiske myndigheter.
Tusenvis av andre mennesker flyter nå rundt i Sørøst-asiatiske farvann, fordi de nektes tillatelse til å gå i land.
BBC har snakket med noen av de overlevende i den indonesiske havnen i Langsa, på øya Aceh. De advarer om at vitneutsagnene ikke kan verifiseres, men tre personer de har snakket med har fortalt lignende historier i separate samtaler.
– Hvis det stemmer, vil det legge enda større press til det voksende internasjonale kravet til asiatiske land om å finne en løsning på denne krisen, sier BBCs korrespondent Martin Patience.
Migrantene hadde ønsket å gå i land i Malaysia, men sier de ble drevet bort av den malaysiske marinen.
Båten hadde angivelig vært til sjøs i to måneder og hadde nylig blitt forlatt av mannskapet før den ble reddet av indonesiske fiskere på fredag. De overlevende blir nå tatt hånd om i en lagerhall på kysten i Langsa. Mange lider av underernæring og dehydrering.
Barn om bord i en båt full av migranter ble slept ut i havet av den thailandske marinen og deretter holdt igjen av malaysiske fartøyer på lørdag, i denne siste runden av 'maritim ping-pong' siden de asiatiske statene er fast bestemt på ikke å la migrantene komme i land, selv om FN har bedt dem om å ta dem imot, 16. mai 2015.
Foto: OLIVIA HARRIS / ReutersMyanmar mener de ikke har ansvar
Myanmars regjering har insistert på de er ikke ansvarlige for migrantkrisen og har sagt de ikke kommer til å delta på et kommende toppmøte om saken. Men søndag sa den malaysiske utenriksministeren Anifah Aman at han nå håper å diskutere krisen med Myanmar «før det er brakt opp til et internasjonalt nivå».
Rohingya-muslimer har lagt på flukt fra Buddhist-majoriteten i Myanmar fordi de ikke er anerkjent som borgere og står i fare for forfølgelse.
Tidlig på søndag ble det rapportert å være minst fem båter, brukt til menneskesmugling med opptil 1000 mennesker om bord, fortøyd like utenfor nordkysten av Burma.
– Fordi Thailand og Malaysia stopper båtene fra å komme i land, er smuglerne nå motvillige til å foreta reisen, men nekter å slippe løs de som er om bord med mindre løsepenger blir betalt, sier BBCs Jonah Fisher.
En Rohingya-migrant fra Myanmar bærer sitt syke barn i et innesperret område i fiskebyen Kuala Langsa i Aceh-provinsen, 17. mai 2015, der hundrevis av migranter fra Myanmar og Bangladesh har søkt hjelp.
Foto: ROMEO GACAD / AfpUtenriksministermøte om Asias båtflyktninger
– Som leder for Asean, sammenslutningen av sørøstasiatiske nasjoner, har jeg bedt om et møte med Malaysia, som er et av de berørte landene, sier den indonesiske utenriksministeren Retno Marsudi søndag.
Anslagsvis 25.000 flyktninger har så langt i år lagt ut på båtferden fra Myanmar og Bangladesh, med land som Thailand, Indonesia og Malaysia som mål.
Båtflyktningene fra Bangladesh reiser fra landets fattigdom, mens flyktningene fra Myanmar kommer hovedsakelig fra den utstøtte rohingya-minoriteten.
FN har oppfordret Indonesia, Thailand og Malaysia til å ikke sende båtene ut igjen på havet når de nærmer seg land. Menneskene om bord risikerer å dø på havet av sykdom og mangel på vann og mat.
