Myndighetene har evakuerte titusenvis av mennesker på grunn av de enorme vannmassene.
Flommen beskrives som den verste siden målingene begynte for 120 år siden, og det er erklært unntakstilstand i Bosnia og Serbia.
- Les også:
I Bosnia har jordskred ført til at flere hus har kollapset, og flere mennesker har mistet livet.
Utenfor Beograd, hovedstaden Serbia, skal åtte mennesker ha druknet, skriver BBC.
Hele byen under vann
Årsaken til flommen er ekstremt kraftig regn de siste dagene. Ifølge Serbias statsminister Aleksander Vucic falt det mer regn i løpet av én dag enn det vanligvis gjør på fire måneder.
- Les også:
Det kraftige regnfallet begynte tirsdag denne uken.
I Bosnia ble sju mennesker funnet døde i sine hjem lørdag, melder Reuters. En fotograf i byrået, som befinner seg i den serbiske byen Obrenovac, sier hele byen er under vann.
Der var han vitne til at innbyggerne sto på takene på sine hjem om ventet på å bli reddet.
– Nå må vi sitte og vente og håpe på det beste, sier Vucic.