Guzman, som ledet det beryktede Sinaloa-kartellet i Mexico, rømte fra høysikkerhetsfengselet Altiplano vest for hovedstaden søndag.
Overvåkingsbilder viser at han forsvant ned i en luke i gulvet i dusjen på cella, og videre ut på en spesialtilpasset motorsykkel gjennom en kilometerlang tunnel.
Ifølge den meksikanske avisen La Reforma hadde fengselsledelsen godkjent boring og arbeid på en vannledning rett utenfor fengselet.
En fengselskilde sier til avisen at flere av fangene klaget på at arbeidet var «ekstremt bråkete».
– Fikk hjelp
Myndighetene i Mexico er overbevist om at Guzman fikk hjelp av ansatte i fengselet til å rømme, og torsdag ble det kjent at det tok mellom 20 og 30 minutter fra Guzman forsvant fra cella til det ble slått alarm.
Etterforskerne mener han kan ha kommet seg gjennom hele tunnelen på tre minutter.
Fengselsdirektøren, 22 ansatte og lederen for fengselsvesenet i landet fikk alle sparken mandag. Flere har hevdet at Guzman må ha betalt opp mot 50 millioner dollar i bestikkelser for å få gjennomført flukten.
Fengselet regnes som Mexicos sikreste, og har sonarovervåking spesielt utviklet for å oppdage eventuelle tunneler under bygningen, skriver Daily Mail.
Klappjakt
Myndighetene har satt inn store styrker i jakten på Guzman. Ifølge nyhetsbyrået AFP er det satt opp 101 sperringer på hovedveiene i 21 av Mexicos 31 delstater, og politiet har delt ut 100.000 løpesedler med bilde av ham.
1250 føderale politifolk er delt inn i spesialiserte letegrupper, og over 8000 politifolk er satt i høyeste beredskap, opplyser innenriksdepartementet.
Politiet har lett på hoteller, sykehus og begravelsesbyråer, og har økt bemanningen på grensa til Guatemala, der han har oppholdt seg tidligere.
Alle privatfly i hele landet sjekkes grundig før de får lov til å ta av.
Amerikanske myndigheter har lenge ønsket å stille Guzman for retten i USA. Den tidligere narkoagenten Phil Jordan sier til CNN at Guzman trolig hadde en avtale med myndighetene om at han ikke skulle utleveres, og at han fikk lov til å rømme.
Guzman ble arrestert i februar etter 13 år på flukt.