170.000 mennesker i demonstrasjonen, ifølge organisatorene.
– Japan er et jordskjelvutsatt land, og kan bli hardt rammet hvis noe går galt. Det er derfor vi viser vår misnøye, sier demonstranten Naoko Gomba til nyhetsbyrået Reuters.
Markeringen kom i stand etter at to reaktorer ved Ohi-kjernekraftverket vest i Japan ble satt i drift igjen tidligere i juli.
Ohi-reaktorene var de første som ble satt i drift igjen etter atomulykken i landet i mars 2011. Som følge av ulykken ble alle reaktorene i landet stengt for sikkerhetskontroller.
- Se de dramatiske bildene fra tsunamien og hør Anders Magnus fortelle
- Alt om jordskjelvet og tsunamien i Japan
(Saken fortsetter under videoen)
Bekymring
Andre demonstranter var bekymret for de langsiktige konsekvensene av å drifte kjernekraftverk, og for det kjernefysiske avfallet.
– Det blir igjen for mye fra kraftverkene. Ting som ikke kan kontrolleres ordentlig og godt nok av mennesker bør ikke brukes, sier Minoru Nakamura.
- LES OGSÅ: Minst tretti år før Japan er kvitt atomspøkelset
- LES OGSÅ: Tsunami-ofre blir hjemløse i fem år til
- LES OGSÅ: Opprydningen vil ta ti år
Demonstrasjonen fant sted på den siste dagen av en tre dager lang feriehelg i juli. Folk gikk i tog gjennom store deler av Tokyo.
Før Fukushima-ulykken dekket kjernekraften vel 30 prosent av Japans elektrisitetsbehov.
- Billedgalleri: Se bildene fra Japan – da og nå