I minst ett tilfelle har de tvunget en person til å konvertere til islam mens de truet ham med skytevåpen, forteller innbyggere som har flyktet fra byen.
Mange av Maaloulas innbyggere flyktet etter at islamistene overtok en kontrollpost utenfor byen 4. september.
Sist helg ble det meldt at islamistene hadde tatt full kontroll og gått inn i byen.
Les også:
Les også:
– Dere korsfarere
– De kom til byen vår ved daggry og ropte: «Vi er fra Nusrafronten og er kommet for å gjøre livet elendig for dere korsfarere», forteller en kvinne ved navn Marie, som har flyktet til Damaskus.
Hun og flere hundre andre fra Maaloula deltok tirsdag i begravelsene av tre kristne militsmedlemmer som falt i kamper mot islamistene på regjeringsstyrkenes side.
En 62 år gammel mann, Adnan Nasrallah, forteller fra hendelsene i forrige uke.
– Jeg så folk med Nusrafrontens hodetørklær som begynte å skyte mot kors, forteller han.
– En av dem rettet pistolen mot hodet til naboen min og tvang ham til å konvertere ved å få ham til å repetere at «det er ingen annen gud enn Allah», sier han.
– Etterpå fleipet de med ham og sa: «Han er en av oss nå.»
Nusrafronten er en av de best organiserte og bevæpnede islamistgruppene blant opprørerne. Gruppen skal ha nær kontakt med terrornettverket Al Qaida.
Snakker arameisk
Maaloula er en av de mest kjente byene i Syria og kanskje det eneste stedet i verden der befolkningen snakker samme språk som Jesus i sin tid snakket, arameisk.
Byen har cirka 5.000 innbyggere og er strategisk viktig for opprørerne som prøver å stramme grepet om Damaskus.
Syrias hovedstad ligger 55 kilometer lenger sør.
Maaloula kan også brukes som utskytningspunkt for rakettangrep mot hovedveien mellom Damaskus og Homs, som er viktig for regimets leveranser og transport.
Fortsatt kontroll
Aktivistgruppen Syrian Observatory for Human Rights (SOHR) meldte søndag at byen var overtatt av opprørerne.
Men tirsdag sa Den frie syriske hær, samlebetegnelsen for en rekke opprørsgrupper, at opprørerne ville trekke seg tilbake for å spare byens folk og historiske arv, forutsatt at regimets soldater også holdt seg unna.
Onsdag var opprørerne fortsatt i byen, ble det meldt.
– Hæren har ennå ikke gjeninntatt Maaloula. Slagene raser, men hæren gjør framskritt, sier en kilde som krever anonymitet til AFP.
Noen opprørere mener regjeringshæren bevisst trakk seg ut for å overlate den kristne byen til islamistene og dermed kunne få en god propagandaeffekt ut av sympatien med de kristne.