– Det er vår plikt å rette opp inntrykket verden har av religionen vår, sa presidenten under en konferanse om islam i Teheran søndag.
Nyhetsbyrået Reuters beskriver oppfordringen som uvanlig.
– Vi må fjerne islams negative image, sa Rouhani videre, som omtales som en moderat muslim.
Han kom også med kritikk av muslimske land som har bombet andre muslimer med våpen kjøpt av USA.
- Les også:
Presidenten siktet blant annet til Saudi-Arabias bombing av Houthi-militsen i Jemen.
– Hvor mange bomber og missiler har dere kjøpt av USA i år? Hvis dere hadde fordelt disse pengene på fattige muslimer, hadde ingen gått sultne til sengs, sa han.
Islams rykte
I talen som ble kringkastet på iransk TV, sa presidenten at det er en skam å se muslimske barn som begir seg ut på lange, farlige reiser for å søke tilflukt i ikke-muslimske land.
Han uttrykte også bekymring over islams rykte, som ødelegges av vold, og oppfordret alle ledere i Midtøsten til å stanse terroren som preger regionen.
Rouhani kritiserte muslimske land for ikke å ta ansvar i de blodige konfliktene i Syria, Irak og Jemen.
Irans spiller en viktig rolle i Syria, og har aktivt støttet president Bashar al-Assad.
I høst var han tydelig på at Syrias president må med på laget dersom IS skal nedkjempes.
– Hvis Assad fjernes, vil det gjøre Syria til et tilfluktsområde for terrorister, sa Rouhani.
Den iranske presidenten mener at diskusjonen om politiske reformer i Syria «først kan komme etter at terroristene er nedkjempet».
